本病以慢性腹泻为主要症状时应与细菌性痢疾等侵袭性肠道细菌感染、血吸虫病、小袋虫病、旋毛虫病、慢性非特异性溃疡性结肠炎等鉴别;以非痢疾症状为主要表现时需注意与肠结核、结肠癌、克隆病等鉴别。

1.血吸虫病：有疫水接触史，起病较缓，间歇性腹泻，肝脾肿大，血嗜酸粒细胞增高，粪便或肠黏膜活检找到虫卵、大便孵化阳性、血中查获虫卵可溶性抗原可确诊。

2.肠结核：大多有原发结核病灶存在，患者有消耗性发热、盗汗、营养障碍，粪便多呈黄色稀粥状，带黏液而少脓血，腹泻与便秘交替出现。胃肠道X线检查有助于诊断。

3.结肠癌：患者常年龄较大。左侧结肠癌者每有排便习惯改变，粪便变细含血液，有渐进性腹胀。右侧结肠癌常表现为进行性贫血、消瘦、不规则发热等，有排便不畅感，粪便多呈糊状，除隐血试验阳性，间或含有少量黏液外，绝少有鲜血。晚期大多可触及腹块。钡剂灌肠和纤维肠镜检查有助于鉴别。

4.慢性非特异性溃疡性结肠炎：临床上与慢性阿米巴肠病难以区别，多次病原体检查阴性，血清阿米巴抗体阴性，特效治疗无效时支持本病诊断。