肠道病毒71型可从多种临床标本中分离出来，包括疱疹液、粪便、口咽分泌物、尿和脑脊液。其中以疱疹液的分离率最高，脑脊液的分离率最低。分离培养阳性率以非洲绿猴肾细胞和乳鼠接种为最高。尽管在最适宜条件下，细胞病变也要到第5～8天才能观察到。血清特异性抗体检测有助于诊断。
严重脑神经损害患者，可出现脑电图异常。
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