不同时期各种化脓菌在病因学上所占地位不同，也有明显的地理差异。以肺炎球菌者最多，其次为流感杆菌。我国脑膜炎球菌、肺炎球菌及流感杆菌所引起者占整体的三分之二，但在欧美各国，流感杆菌脑膜炎所占比例较高，可能与社会菌群差异、人群免疫状态不同有关。不同年龄感染的致病菌也有很大差异，新生儿易发生肠道革兰阴性杆菌脑膜炎，如大肠杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、产气杆菌等。