细菌性脑室炎的治疗与脑膜炎相似，应尽早查清致病菌及药物敏感试验以便选用能透过血脑屏障的强效抗生素及药物尽快投给。同时，应立即将先前置入脑室的引流管或分流管拔除因为附着在管壁上的细菌具有更大的耐药性。如果脑室系统没有梗阻，选用的抗菌药物有效感染常能得以控制随之脑脊液细胞数即减少病情亦迅速改善。设若是脑室系统存在阻塞或敏试有效的药物透过血脑屏障较差时则应在全身用药的同时，反复行脑室穿刺引流，并经脑室内给药。

此时由于梗阻已变为脑室积脓(Pyocephalus)则需用置管引流或行双管冲洗引流，以4-8万u庆大霉素溶在500ml生理盐水中，由一管缓慢持续滴入，经另一管等量引流至封闭的瓶或袋中每分钟30-40滴保持出入平衡直到引流液转清症状好转细菌培养阴性及白细胞数正常之后，始可拔管位于脑深部接近脑室的脓肿因靠室管膜一侧的脓壁纤维化进程较慢往往菲薄，故有突然破入脑室引起急性化脓性脑室炎的危险遇此情况唯有紧急开颅切除脓肿，用抗菌盐水彻底冲洗脑室，并置管行脑室外持续引流同时，全身加强抗菌治疗始有一线救治希望