应与其他寄生虫引起的肠道疾病相鉴别如：阿米巴肠炎，蓝氏贾第鞭毛虫。可累及左侧结肠，结肠溃疡较深，边缘潜行，溃疡间的黏膜多属正常。粪便或结肠镜取溃疡渗出物检查可找到溶组织阿米巴滋养体或包囊。抗阿米巴治疗有效。混有黏液和未消化的食物，臭味较大。潜伏期长短不一，1～2 周或数月以上。可因食入的包囊数量、致病力以及机体抵抗力强弱不同，而出现不同的临床表现。