梗阻肠段先有解剖和功能性改变，继则发生体液和电解质的丢失、肠壁循环障碍、坏死和继发感染，最后可致毒血症、休克、死亡。大多数不能被胃酸灭活，到达肠道后，定居于粘膜腺体的深部而致病。肠结核好发部位依次为回盲部、升结肠、回肠、空肠、阑尾、横结肠、降结肠、十二指肠、乙状结肠和直肠，其中侵犯回盲部占80％~90％，这可能是由于回盲瓣的生理性滞留作用以及该部位淋巴组织丰富所致。