病因有细菌、病毒、农药、食物本身的毒素、食物和食物起的化学作用、或其他无机性物质污染等。
一、细菌类的成因包括：最常见的是食物受细菌感染，再煮熟或半熟的食物，特别容易染有细菌。苍蝇和不合卫生的烹煮器皿。在室温下存放食物，很可能受到严重的细菌污染。雪柜应在四度之下，热柜应在六十度以上，可令细菌停止生长繁殖(其实未死的)。葡萄球菌和沙门杆菌通常来自处理食品的人员。尤其是含有奶类食品、经加工的肉类、鱼生寿司等。
1、葡萄球菌、大肠杆菌及沙门杆菌是最常见的病菌。
2、污染的禽类、肉类及鱼类中，常可发现弯曲杆菌。这种细菌常会引起腹泻和剧烈的腹痛。
3、大肠杆菌有很多种，大多无害，但有几种可引起初生婴儿的急性胃肠炎，这种感染常在育婴室中蔓延。这和奶樽消毒程序有关。
二、病毒感染往往也可引致胃肠炎及肠炎。轮形病毒是引起儿童腹泻的最常见病原体。除此之外，可引致胃肠炎的病毒还有腺病毒、肠病毒、手足口病毒等等。这种感染可在两天之内发病。
三、有些植物在生长过程中所产生的毒素，也可以引致胃肠炎，如紫杉、青性的茄属植物、牵牛花及七叶树属植物等，都含毒素，而马铃薯块茎所生的嫩芽，也是有毒的。
四、有毒的化学品，如砷、铅及各种杀虫剂等。若服下这些化学品，在数小时内即可发病。
五、阿米巴病、梨形鞭毛虫病等疾病，也可以引起胃肠炎的症状。