VKC应与其他变应性结膜病相鉴别。严重的VKC患者具有典型的体征：睑结膜铺路石样乳头增生、盾形溃疡、Horner-Trantas点以及其他征象。然而对于轻型病例，确诊比较困难，常需要借助实验室检查。

1.特应性角结膜炎(atopic keratoconjunctivitis，AKC) 在早期，两种疾病常易发生混淆。在流行病学上，AKC多发于十几岁到中年;多为常年性，比VKC病程长。从外部观察，AKC患者的眼睑常有慢性眼睑炎和湿疹。同VKC不同，AKC常引起结膜瘢痕、上皮下浸润和下穹隆缩窄。其他的症状和体征也有助于两者之间的鉴别：AKC主要影响下睑结膜，有小乳头;AKC的角膜新生血管化通常位于深层;AKC的分泌物多为水样，而VKC的分泌物多为黏稠性;在AKC很难发现有Homer-Trantas点;AKC的结膜刮片很少发现有嗜酸性颗粒。

2.枯草热性结膜炎 又称季节变应性结膜炎(seasonal allergic conjunctivitis，SAC)，是临床常见的疾病。与抗原接触后迅速发病。主要表现为结膜充血、结膜水肿和偶发眼睑水肿。与VKC不同，SAC患者常伴有变应性鼻炎或鼻窦炎(sinusitis)。在SAC很难观察到角膜的改变。

3.巨乳头结膜炎 主要与配戴接触镜有关，其他的刺激因素还有配戴义眼、埋藏缝线暴露。其上睑结膜的乳头反应和黏液的产生非常类似VKC。当去除刺激因素后，GPC的症状和体征将明显减轻或消失。通过病史分析和仔细检查可以进行鉴别诊断。

4.接触性结膜炎 因使用药物诱发超敏反应而造成的化学性(或毒性)结膜炎也可产生类似VKC的症状和体征。引起药物超敏反应的主要药物有：阿托品、局部麻醉药、抗生素、苯肾上腺素和其他药物载体。化学性结膜炎的乳头反应并不剧烈，下穹隆结膜易受累。

5.沙眼 沙眼也可引起上睑结膜和角巩膜缘上方的病理改变。然而，与VKC不同，沙眼可以引起结膜瘢痕、滤泡性结膜炎和Arlt线(水平方向的上皮下纤维化)。结膜刮片无嗜酸性粒细胞存在。然而，VKC有时和沙眼同时存在。