感染是最常见的并发症，可继发于细菌，真菌及卡氏肺囊虫感染。
卡氏肺孢子虫肺炎的症状体征：潜伏期4～8周，AIDS患者较长，平均6周，甚至可达1年。起病较急，开始时干咳，迅速出现高热，气促，发绀，肺部体征甚少，可有肝脾肿大，从起病到诊断，典型的为1～2周，接受大剂量激素治疗者，病程短促，可于4～8天死亡，AIDS患者病程较为缓慢，渐进，先有体重下降，盗汗，淋巴结肿大，全身不适，继而出现上述呼吸道症状，可持续数周至数月，未经治疗100%死于呼吸衰竭，本病症状严重，但肺部体征较少，多数患者肺部听诊无异常，部分病人可闻及散在湿啰音。
