1.肠系膜动脉栓塞 当肠系膜上动脉血栓完全阻塞血管时，临床上与肠系膜动脉栓塞难以区别。动脉血栓形成多见于动脉粥样硬化的老年人，而动脉栓塞常见于风湿性心病伴心房纤颤的病人;两者起病的部位不同，动脉血栓形成常发生在肠系膜上动脉的起始部，而动脉栓塞则多见于肠系膜上动脉入口处;腹腔动脉造影可予以鉴别。

2.尚须与胃肠穿孔、急性肠梗阻、急性胰腺炎等急腹症相鉴别。