本征的病因为残留胃窦的粘膜受到反流的碱性十二指肠液刺激而产生大量的胃泌素，经吸收进入血液，作用于胃底部粘膜，刺激残胃的壁细胞，促使胃液发泌过多，胃酸过高，发生术后吻合口溃疡。漫延至肌层或浆膜层。在病变部分出现水肿、炎症细胞侵润和纤维组织增生，使局部变厚，甚至狭窄;部分病例可有黏膜表面糜烂、肠腺上皮化发生变化。
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