进一步确诊需依赖实验室检查。细菌性肠炎可作呕吐物及大便培养，获得病塬菌即可确诊。有些病塬菌如沙门氏菌感染可作血培养。病毒性胃肠炎可用电子显微镜、免疫电镜、免疫荧光及血清学检查如补体结合试验、酶联免疫吸附法及放射免疫法等检查病毒的抗塬和抗体。也可用组织培养法分离病毒。寄生虫性肠炎可直接镜检，寻找病塬体及其虫卵。真菌性肠炎可从大便中直接涂片，在显微镜下检查真菌或作大便真菌培养。