本病的鉴别诊断方面要考虑到胃十二指肠、肝、胆疾病及其他内分泌的紊乱。非胆源性慢性胰腺炎其临床表现与本病基本相同，但病史明显不同，亦无胆道疾病的症状与体征，不难鉴别。本病与胰腺癌、胰腺囊肿有时易混淆，需认真鉴别。

        胆源性慢性胰腺炎压迫胆总管出现梗阻性黄疸时，常与胰头癌、壶腹部肿瘤、总胆管结石等相混淆。逆行胰胆管造影、B超检查有助于鉴别，但有时需剖腹探查才能明确诊断。

反复上腹痛与溃疡病的鉴别有赖于病史，胃肠钡透与胃镜检查等。

此外，尚需和小肠性吸收不良综合征相鉴别，D木糖试验在前者正常，后者则示吸收障碍。借助胰外分泌功能试验，亦有助于鉴别。