肺炎常需与下列疾病鉴别：
（1）肺结核 多有全身中毒症状，如午后低热、盗汗、疲乏无力、体重减轻、失眠、心悸等。X线胸片见病变多在肺尖或锁骨上下，密度不匀，消散缓慢，且可形成空洞或肺内播散。痰中可找到结核杆菌。一般抗菌药物治疗无效。
（2）肺癌
多无急性感染中毒症状，有时咯血或痰中带血丝，可伴发阻塞性肺炎，经抗生素治疗后效果可能不佳。影像上可见肺门淋巴结肿大或出现肺不张。若经过抗生素治疗后肺部炎症不易吸收，或暂时吸收后于同一部位再次出现肺炎，应密切随访。对有吸烟史及年龄较大的患者，必要时可进一步行胸部CT、支气管镜和痰脱落细胞等检查以明确诊断。
（3）急性肺脓肿
早期临床表现与肺炎链球菌肺炎相似。但随着病程病程进展，可咳出大量脓臭痰，为肺脓肿的特佂。X线胸片显示脓腔及气液平，易与肺炎相鉴别。
（4）肺血栓栓塞症
多有静脉血栓形成的危险因素，如血栓性静脉炎、心肺疾病、创伤、手术和肿瘤等病史，可发生咯血、晕厥，呼吸困难等症状，X线胸片示区域性肺纹理减少，有时可见尖端指向肺门的楔形阴影，动脉血气分析常见低氧血症及低碳酸血症。D-二聚体、CT肺动脉造影、放射性核素肺通气/灌注扫描和MRI等检查可帮助进行鉴别。
