当胃镜检查发现胃溃疡时，诊断似乎非常明确，但是还应注意与引起胃溃疡的少见特殊病因或以溃疡为主要表现的消化道肿瘤鉴别。胃的巨大溃疡在内镜上与胃恶性肿瘤的鉴别亦有一定的困难，而且有些溃疡与早期癌区别极为困难，故目前临床上行胃镜检查时若发现胃部的溃疡，临床医师通常会取活组织行病理检查，并且要求患者治疗后复查并多次取活组织行病理检查，以防病检出现假阴性。