应与其他原因引起的消化不良相鉴别。

(1)溃疡样消化不良：它以消化性溃疡的症状为特征，而又无溃疡的存在，新近研究发现常常面临应激的病人可出现应激反应，有胃酸排出的间歇性升高，加之动力障碍使胃酸对粘膜损害的作用延长和增加。因此，此型病人可因进食或服用H-受体拮抗剂而好转。

(2)器质性消化不良：经过检查可明确认定是由某器官病变引起消化不良症状，如肝病，胆道疾病，胰腺疾病，糖尿病等。对于这些病人来说，治疗的时候主要针对病因治疗，辅助补充消化酶或者改善胃动力来缓解消化不良症状。