可出现自发性气胸及脓胸、大咳血、侵犯胸壁形成脓肿窦道，如曲霉菌支气管肺炎反复发作后晚期可致肺纤维化，支气管扩张肺气肿等并发症。少数免疫功能低下者，可播散到淋巴结、皮肤、肝、脾、肾、骨关节及脑脊膜等各种器官而引起相应的损害和并发症。
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