因肺真菌病临床及X线表现无特异性，易与肺常见疾病，如结核、肺炎纤维化及慢性支气管炎等相混淆。

肺纤维化多在40-50岁发病，呼吸困难是最常见症状。轻度肺纤维化时，呼吸困难尽在剧烈活动时出现，其他症状有干咳、乏力。50%患者有杵状指和发绀，在肺底部可闻及吸气末细小跑裂音。x线检查早期呈毛玻璃状，典型改变弥漫性线条状、结节状、云絮样、网状阴影、肺容积缩小。

慢性支气管炎起病缓慢，病程长，反复急性发作导致病情加重。晨间咳嗽为主，睡眠时有阵咳和排痰。咳白色粘液性或浆液泡沫性痰，喘息明显。X线：可表现为肺纹理增粗、紊乱，呈网格或条索状、斑点状阴影，以双下肺明显。

肺结核患者常有一些结核中毒症状，其中发热最常见，一般为午后37.4℃~38℃的低热，夜间盗汗亦是结核患者常见的中毒症状，同时伴有咳嗽，咳血，消瘦等等症状。X线胸片检查不同类型的肺结核均有其X线影像特征。