1、复杂性肛瘘：一般肛瘘如经久未治，使得肛门出伤口增加，会使病变成复杂性肛瘘增加了治疗的难度。2、肛瘘出血：肛瘘手术一般创面较大，伤口较深，该局部血管丰富，因而血管损伤较多，经常可发生术后出血。为此，在手术中一定要结扎明显的出血点，对深部不易结扎的血管，要电灼止血，查无出血后，以纱布填充，加压包扎止血。而对仍有出血者，应打开创面，重新止血。
3、肛瘘的其它并发症：肛裂日久，反复发作，炎症，分泌物刺激而形成哨兵痔，以及肛乳头瘤。而许多人的哨兵痔，呈皮赘，质柔软。而乳头瘤也常为有细长系带的瘤状物，其瘤体常脱出肛门外，且多数为孤立一个，偶有两个乳头瘤同时存在，其色灰白，无触痛，质韧，光滑。
4、尿潴留：肛瘘术后较少发生尿潴留，若发生尿潴留，应采用热敷、针灸等手段进行治疗，对经各种治疗仍未排尿者，则采用导尿的方法。
疼痛也是肛瘘并发症主要症状，现代医学研究发现，肛瘘手术刺激可产生剧烈疼痛，引起肛门括约肌的痉挛，导致局部血液循环受阻，引起疼痛加重。肛瘘患者不可以对肛瘘症状产生忽视的心理，肛瘘疾病要早日发现早日治疗才好，不然拖延下去引发了其他的并发症。
