1、感染：与牙髓炎一样，感染也是引起牙齿根尖周炎的最常见的原因，而大多数感染来自牙髓炎症。如果牙髓炎症没有及时治疗，牙髓感染向深部扩散，通过根尖孔引起根尖周炎。此外，还有少数感染来自牙周病，如牙周组织炎症有比较深的牙周戴时，引起根尖周炎。有时后感染来自感染的根管，如因牙髓炎时做根管治疗的时候，扩大针阔锉根管时器械超出根尖孔，冲洗根管时压力过大，将药液，特别是双氧水把根管内的感染物质带到根尖周组织中。
2、化学刺激：在牙髓炎进行根管治疗时，使用牙髓组织失活剂如三氧化二砷，封药时间过长，根管内封入刺激性大的消毒剂和甲醛甲酚，药物过量，渗透到根尖周组织中，可以引起药物性根尖周炎。
3、创伤：牙齿承受过大的咬合力量或外力，均可以使根尖周组织受损。根管治疗时，根管器械多次超出根尖孔，质地很硬的根管充填物超出根尖孔，都是对根尖周组织的创伤因素。
4、非牙髓性根尖周病变：根尖周病变大多数是由于牙髓病继续发展造成的，但是也有不是来源于压髓病变。如前面表述的创伤和牙周病引起以外，还有少数由于其他的原因造成的，如放射性骨坏死、中央性巨细胞肉芽瘤、恶性淋巴瘤、发育性囊肿等等。