临床上应与单纯的头皮下脓肿相鉴别，其脓液主要在帽状腱膜下而非在骨膜下。也应与颅骨结核相鉴别，病人无与结核病人的接触史，周身亦无结核病灶发现。窦道排出之脓液中无干酪样物，涂片染色镜检及动物接种均无结核杆菌发现。如并发脑脓肿时应与结核球相鉴别，脑脓肿于CT及MRI检查时可显示圆形高密度环，中央为低密度区，而结核球则显示为圆或椭圆形均匀一致的高密度影，或混杂密度区，静脉注入对比剂后病灶可明显增强。