此病应与术后无菌性眼内炎相鉴别。眼内异物存留、化学物质的引入(如人工晶状体表面抛光化合物或消毒液的残留)、晶状体皮质或核在眼内残留、复杂的手术操作对眼组织的损伤、患者的易感性(如糖尿病)等都可引起术后严重的眼内炎症反应，甚至前房积脓。此种显著的炎症反应多出现于术后第1天，但一般无严重的眼痛和视力下降，不出现眼睑肿胀和结膜水肿。虽然毒力强的细菌引起的眼内炎也可发生于术后第1天，但绝大多数出现于术后第2天之后，患者往往有严重的眼痛、明显的眼睑肿胀、结膜水肿和显著的视力下降。用糖皮质激素和非甾体消炎药滴眼剂频繁点眼往往可使术后无菌性眼内炎症减轻，但对细菌性眼内炎则无明显效果。

迟发型术后眼内炎则应与晶状体相关的葡萄膜炎(晶状体过敏性眼内炎)、Behcet病性葡萄膜炎、急性前葡萄膜炎、中间葡萄膜炎、结核性葡萄膜炎、梅毒性葡萄膜炎、急性视网膜坏死综合征、Lyme病性葡萄膜炎、眼弓形虫病等相鉴别。