喉内型气囊肿与喉囊肿鉴别较困难，但喉囊肿与喉室不通，其体积不随呼吸改变，压之不缩小。从喉室突出的喉内型气囊肿须与喉室脱垂相鉴别。喉室脱垂多为喉室粘膜炎性水肿或肥厚，自喉室脱出。其特点是位置一定在喉室口处，可以器械推送回喉室内且其体积不随呼吸改变。喉外型气囊肿必须与腮裂囊肿、甲状舌管囊肿、皮样囊肿等相鉴别。主要鉴别点为喉气囊肿时大时小，变化较快，用手挤压可缩小，而其他各种囊肿则无此特点。应注意喉气囊肿可与喉癌同时存在。