病毒感染（30%）：
HPV主要通过接触感染部位或污染的物品传播。
性传播（35%）：
生殖器感染主要由性交传播，新生乳头瘤病毒的生活周期与表皮细胞分化密切相关。
母婴传播（35%）：
新生儿可在产道感染，病毒感染常为局部的，不经血流扩散，不同型的HPV可引起不同部位的乳头瘤，皮肤疣一般是良性的，HPV的DNA是游离的，有些疣能自行消退，高危型的人乳头瘤病毒与生殖道癌前病变及恶性肿瘤密切相关，HPV的DNA往往整合在宿主细胞的染色体上。
HPV造成的损伤受免疫因子的影响，细胞介导的免疫较为重要，HPV感染后出现皮肤疣，持续较长时间后会自行消退;而免疫抑制患者疣及宫颈癌的发生率会增加。
发病机制
HPV经直接或间接接触传播到达宿主皮肤和黏膜上皮细胞，通过微小糜烂面的接触而进入细胞内，停留在感染部位的上皮细胞核内复制并转录，但不进入血液循环，不产生病毒血症，复制和装配后的病毒颗粒先在胞核内聚集，然后释放，又逐渐感染邻近的细胞，使越来越多的宿主细胞被HPV感染，成为自身接种与传播的来源，病毒DNA还可以整合入宿主细胞DNA中，随细胞DNA同步复制，致使被感染细胞的所有子细胞处于潜伏感染状态，在潜伏感染期中病毒是以染色体外自我复制的质粒或游离基因形式存在，这些基因组也能感染邻近细胞。