取甲表面、甲下碎屑、甲组织进行真菌镜检常可发现真菌菌丝和孢子，可以协助诊断，但不能确定致病菌种；将上述组织置于培养基进行培养，经过2-4周，可分离出致病真菌，这样有利于制定治疗方案。病理检查发现菌丝和孢子时可确诊，为诊断甲真菌病的金标准，注意病病理时同时做真菌培养。
典型甲真菌病不难诊断，不典型病人、二十甲均破坏时诊断较难，应和甲扁平苔藓、银屑病、细菌甲、慢性湿疹、先天性厚甲进行鉴别。