棘阿米巴性巩膜炎多为弥漫性或结节性，可发展成坏死性前巩膜炎并导致巩膜葡萄肿。发病初期有眼红、畏光、流泪、异物感、结膜囊分泌物、眼痛，并伴有视力下降。50%以上的患者有剧烈的眼痛，夜间剧烈，并向三叉神经分支范围放射。弥漫性前巩膜炎预后相对良好，巩膜呈弥漫性充血，球结膜水肿，病变易于扩散，病变范围局限者约占60%。结节性前巩膜炎时可形成深红色结节，完全不能活动、质硬、有压痛。结节与其上的表层巩膜组织分界清楚，表面的血管被结节顶起。坏死性前巩膜炎破坏性强，首先表现为局限性片状巩膜炎，合并有急性充血。巩膜表面片状无血管区由巩膜外层血管发生闭塞性脉管炎所致。此无血管区下巩膜基质水肿。病变可有不同的进展，有的炎症可局限，多数病例该区的巩膜组织几乎全部坏死，炎症病变向眼球两侧发展，损及整个前巩膜。巩膜坏死部位，葡萄膜外露。若长时间持续高眼压，则形成巩膜葡萄肿。

棘阿米巴性巩膜炎常伴有环状渗出性基质性角膜炎。初期表现为永久性或复发性树枝状或点状角膜上皮损害，逐渐发展成基质浸润以及沿角膜神经分布的放射状浸润。角膜基质形成炎症浸润环，环周可见白色卫星灶，中央基质似盘状角膜炎，伴有前房积脓。偶可有后弹力层皱褶、角膜后KP和反复的角膜上皮剥脱等。棘阿米巴性巩膜炎病程长、进展缓慢。大多数患者有剧烈的眼痛，可能由棘阿米巴的嗜神经性引起。

由于棘阿米巴性巩膜炎少见，常误诊，即使首先考虑巩膜棘阿米巴感染，诊断仍很难证实。详细询问病史，裂隙灯检查，对涂片或活检组织进行特殊染色和用大肠杆菌性无养分培养基培养，可以早期诊断。常规角膜上皮涂片找不到棘阿米巴或棘阿米巴培养阴性，因为棘阿米巴仅存在于角膜基质内。