棘阿米巴原虫可以与细菌、真菌及病毒混合感染。混合感染的细菌主要有表皮葡萄球菌、金黄色葡萄球菌、链球菌属及短棒菌苗属。 针对致病性自生生活阿米巴性角膜炎的危险因素，应采取相应的预防措施，尤其应加强对隐形眼镜配戴者镜片护理知识的教育，应严格避免睡眠时配戴隐形眼镜，严格避免用自来水或自备液体清洗镜片。
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