鉴别诊断应考虑阿米巴痢疾、细菌性痢疾或其他原因引起的胃肠炎，以上腹部疼痛、肝大压痛、肝功能受损者则考虑胆囊炎、胆道感染和病毒性肝炎，反复查找蓝氏贾第鞭毛虫是鉴别的重要步骤。寄生于宿主的消化道、泌尿道、血液及阴道毛滴虫对人体危害较大注意鉴别。
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