引起继发性痛经最常见的病变是盆腔子宫内膜异位症、子宫腺肌症。积极治疗此类相关原发病，以减少或减轻痛经的发生。
1.药物治疗
继发性痛经药物治疗子宫内膜异位症引起的痛经可首选非甾体抗炎药或口服避孕药，疗程一般不少于六个月，用法同原发性痛经。如果疗效不佳，可改用促性腺激素释放激素类似物治疗，每次皮下或肌肉注射一针，每四周注射一次，疗程为六个月。如患者暂时无生育要求且不宜长期口服药物时，可选择宫内放置左炔诺孕酮宫内缓释系统(又称曼月乐，一种宫内节育器)，或缓释孕激素的阴道环，既达到减轻痛经的目的，又可明显减少月经量。如患者有生育要求，且盆腔内有较大的子宫内膜异位囊肿，应首选腹腔镜下的微创手术治疗。
2..手术治疗
手术切除子宫通常是治疗子宫腺肌症最彻底的方法，但对于有生育要求或要求保留子宫的患者，应首选促性腺激素释放激素类似物治疗，疗程同前。如患者暂无生育要求，子宫腔内放置左炔诺孕酮宫内缓释系统，或阴道使用缓释药物应是首选方法。口服避孕药也可选用，但一般不作为首选的治疗药物。子宫腺肌症也可以通过子宫动脉栓塞术以达到减轻痛经、减少月经量等目的。但由于其操作者需要非常丰富的临床经验，治疗费用昂贵，所以目前不推广应用。总之，继发性痛经的治疗则要先区分病因，对因和对症治疗并进。如果对顽固的原发性痛经一忍再忍，将来有一部分人可能发展为子宫内膜异位症。子宫内膜异位症合并不孕不育的发生率相当高。