一旦确诊后，应及时进行手术治疗，以免引起邻近牙的继续移位和造成咬合紊乱。一般从口内进行手术，如伴有感染须先用抗生素或其他抗菌药物控制炎症后再作手术治疗。术前应作X线摄片，以明确囊肿的范围及邻近组织关系。根据角化囊肿术后复发的原因，对不同大小的囊肿采取不同的手术方案，小囊肿可作彻底的刮治。对已侵犯周围软组织的大囊肿，或多次复发者，应切除部分颌骨和软组织。有基底细胞痣综合征的多发性角化囊肿，如刮治术后复发者，更应采取彻底的手术切除。