本病需与下列几个疾病进行鉴别诊断：

(1)胸膜间皮瘤

因早期表现及X线检查结果有相似之处，故可能误诊为结核性脓胸。误诊的原因有以下几点：①具有典型的结核中毒症状,抗结核治疗曾有效。②患侧胸廓萎陷,肋间隙变窄。③肺CT未见胸膜凹凸不平。④胸腔内为黄色渗液。⑤无明显消瘦及痰中带血。具有下述几种情况应想到有胸膜间皮瘤可能: a. 持续较重胸痛; b. 难以控制的胸水,特别是血性胸水; c. 胸腔积液经抗结核、抗炎治疗无明显好转; d. 胸膜增厚且凹凸不平。必要时做CT及病理检查以协助诊断,减少误诊。

(2)肺囊肿

是一种先天性发育异常形成的肺实质囊性病变。分为液囊肿、气囊肿和液气囊肿。囊肿较小时可无症状或症状轻微。若巨大液性囊肿有时尚难与脓胸等鉴别。结核性脓胸是一种特殊菌感染,其临床表现不象化脓性感染症状明显,因此易延误诊断。误诊原因可能有以下几点: (1)对于年老患者，就医前又无肺结核、结核性胸膜炎及急性结核性脓胸的临床症状的; (2) MRI 显示病变肺囊肿表现相似(3) 近年来随着抗结核药物治疗学的进步及结核菌株变异,部分结核病的临床表现已不典型,临床上重视不够，故两者需进行鉴别诊断。

(3)恶性胸腔积液

老年结核性脓胸和肺癌胸膜转移的临床表现缺乏特异性,两者均可有发热、胸闷气急、咳嗽、胸液呈渗出液。由于老年人肺脏及胸膜老化,壁层胸膜对胸液的重吸收缓慢 ,部分患者就诊于非专科医院,造成病情迁延不愈而误诊为恶性胸腔积液。为避免对老年结核性脓胸的误诊,必须提高对本病的认识和警惕。临床上凡遇发热、长期不明原因胸腔积液而又诊断不明,胸液性质为渗出液、常见抗结核及胸穿抽液困难的患者,均应考虑本病,及时进行电视胸腔镜检查或手术探查。