主要是甲状腺激素替代治疗，以使甲状腺功能维持正常，一般需要终身替代，少数桥本甲状腺炎也有自发缓解的报道。

药物可选择左甲状腺素。药物替代剂量与患者年龄及体重有关，治疗剂量应个体化。成人维持剂量多在50-200ug/天。

左甲状腺素半衰期为7天，口服后约80%被吸收。服药后约6周可达到血药浓度的平衡。起始剂量为左甲状腺素 25ug/天，以后每一至两周增加一次剂量，直至维持量，达到维持剂量的指标是临床症状改善，T3、T4、TSH正常，妊娠妇女应将TSH控制在 2.5mU/L以下，FT4在正常范围高限水平。儿童需要较高的剂量，而老年患者则需要较低剂量，对老年人或有冠心病史者，起始剂量应更小，缓慢加量，以防诱发和加重心肌缺血。

甲状腺癌患者需要相对大剂量替代，约2.2ug/kg/天，高危患者控制TSH在防止肿瘤复发需要的水平(0.1 mU/L或更低水平)。对亚临床甲减患者，一般认为TSH大于10mU/L时亦需要替代治疗，TSH在4-10mU/L之间且TPOAb阳性者可密切随访甲状腺功能，必要时给予甲状腺激素替代治疗。对中枢性甲减患者治疗应以T4和FT4达到正常范围上二分之一作为治疗目标，而不能把TSH作为治疗指标。

甲状腺片是动物来源的甲状腺干制剂，因其甲状腺激素(T3和T4)含量不稳定和其中T3含量偏高，目前在常规的甲状腺功能低下替代治疗中已较少使用。