1.急性梅毒性角膜基质炎是先天性梅毒的晚期表现之一，大多数发生于5～20岁，但也可以早到出生时，晚至50岁，梅毒血清学检查阳性，眼部征象包括“胡椒盐”状的脉络膜视网膜炎或视神经萎缩等，同时伴有其他先天性梅毒的晚期症状，均提示本病的存在，一些其他的晚期梅毒表现，包括Hutchinson牙齿和骨骼的畸形，第Ⅷ对脑神经受累导致耳聋，精神发育迟缓及行为异常等。梅毒血清学检查常用的有补体结合试验(如Wasserman试验)和沉淀试验(如Kahn试验)等，这些试验对于各期梅毒的诊断，治疗效果的判断以及发现隐性梅毒均有重要意义。
2.结核性角膜基质炎的病因诊断 取决于眼部所见，梅毒血清学检查结果阴性，结核菌素试验阳性以及全身性结核感染的病史。
3.麻风性角膜基质炎的病因学诊断
眼科医师难以做出初诊，要依据皮肤科医师的协助，面部有典型的“狮样面容”，眼睑皮肤增厚，秃睫，面神经麻痹是常见的晚期征象，可形成兔眼和睑外翻，角膜神经可发生节段性的增粗，形成“串珠”状，虹膜表面可以出现小砂石状的乳白色结节，在睑裂处角巩膜缘的巩膜侧有黄色胶样结节以及角膜颞侧浅层血管翳等可确定诊断。