皮下出现蚕豆甚至更大的非炎症性结节，或柔软的囊包，波动感，大小不一，无疼痛及压痛，覆盖于囊肿的皮肤色泽正常，包囊破裂，囊液被吸收，可出现皮肤红斑、荨麻疹样皮疹、瘙痒，伴有发热、腹痛、腹泻，几年后可钙化或囊肿变性。多数感染者可能是无症状的，未被认识。只有<2%的患者被发现，皮肤和软组织出现症状。

棘球蚴病临床表现高度多样性并反映了幼虫的位置和大小，绝大多数症状是因为幼虫虫体的机械压力或由于疱液流出引起异种抗体。幼虫可能是单个或多数(至少25%)，感染肝(50%～70%)、肺(20%～30%)及其他部位：肾、心、骨髓、肌肉和中枢神经系统(2%)。在出现症状之时，棘球蚴可能已达到相当大的量，如果其破裂溢出疱液，患者可出现寒战、荨麻疹。

囊包活检查到虫体可诊断。可通过特征性的影像技术(如超声、CT、MRI)来发现临床上无症状的皮损。