军团病的病死率约为15%，年龄越大，病死率越高，有基础疾病或免疫缺陷者病死率亦高。死亡原因多数为呼吸衰竭，其次为休克和急性肾功衰竭。如能早期诊断及给予有效治疗，病死率可以降低。

目前尚无有效的预防措施。

(一)饮水消毒：加氯或煮沸可杀灭本菌。

(二)对于空调系统应予关闭，进行消毒清洗。对于供水系统、湿润器材、喷雾器等进行卫生管理。以控制暴发流行。

(三)免疫菌苗正在研制中。

可通过预防措施处理军团病造成的公共卫生威胁。虽然不可能根除感染源，但可以显著减少风险。军团病的预防依赖于对可能感染源的良好管理，包括定期清洗和消毒以及采用其它物理(温度)或化学措施(生物杀灭剂)尽量减少生长。例如，可对冷却塔定期进行清洗和消毒，并经常或不断添加生物杀灭剂;在温泉池中保持足够水平的氯等生物杀灭剂，并至少每周完全排水一次，清洗整个系统;使冷热水系统保持清洁，并使热水保持在60摄氏度，冷水保持在20摄氏度以下，或者使用适当的生物杀灭剂进行处理以限制生长。尤其在医院、工业场所、旅馆、休闲中心等采用这些控制措施，将极大地减少军团菌染污的可能性并预防散发病例的发生。目前采用的方法为氯化法(1×10-6)或间歇性高氯化法(50×10-6)。但该法易腐蚀管道，具一旦将氯化程度降低，军团菌又可重新被检出，故理想的消毒措施，尚有待进一步研究。