先天性巨细胞包涵体病患儿病死率高，后遗症较多。尤其有黄疸、血小板减少、颅内钙化和肝脾肿大者预后不良。多死于肝硬变，存活者常遗留永久性的神经系统后遗症，如小头畸形、智力低下、发育及运动障碍、耳聋等。但也有一些宫内感染的婴儿能够存活而无明显后遗症。后天获得性巨细胞包涵体病多为自限性，预后较好。但原有严重的慢性消耗性疾病、器官移植、AIDS患儿或长期应用免疫抑制剂者预后不良。