原发性腹膜炎的症状、体征与继发性腹膜炎相似，实验室检查结果亦多相同。但只能采取非手术疗法则与继发性腹膜炎迥异。故应注意鉴别。原发性腹膜炎与继发性腹膜炎的鉴别要点如下：
1.原发性腹膜炎主要见于肝硬化腹水、肾病综合征等免疫功能减退的病人及婴幼儿，尤其是10岁以下的女童。而继发性腹膜炎则大多无此类局限。
2.发生于肝硬化腹水者的原发性腹膜炎起病较缓，腹部体征中的“腹膜炎三联征”往往不甚明显。发生于婴幼儿的原发性腹膜炎起病较急、“腹膜炎三联征”亦多不及继发性腹膜炎明显。
3.腹腔内无原发感染病灶是原发性腹膜炎与继发性腹膜炎区别的关键。X检查如发现膈下游离气体则是继发性腹膜炎的证据。
4.腹腔穿刺，取腹水或腹腔渗液作细菌涂片与培养检查。原发性腹膜炎都为单一细菌感染而继发性腹膜炎几乎皆是混合性细菌感染。