主要应与口底舌下囊肿、甲状舌管囊肿、口底蜂窝织炎相鉴别。

口底舌下囊肿位于口底的一侧，局部呈蓝色病变，质软，穿刺为粘稠的蛋清样液体。

口底蜂窝织炎在成人后多由牙源性感染所致，在儿童多由涎源性感染所致，局部存在红肿热痛等炎症表现。发病一周后，穿刺可见脓液。

甲状舌底囊肿多见于1~10岁的儿童，囊肿多位于舌骨上下部的中线位置。舌骨体与囊肿之间可能扪及坚韧的条索并与舌骨体粘连，可随吞咽及伸舌等动作而移动，穿刺检查可见透明、微混浊的黄色稀薄或粘稠性液体。