细菌学检测应根据不同的感染部位尽早获得标本并进行细菌学鉴定。传统方法是根据糖类的降解反应及硝酸盐还原试验，此法需要大量细菌，耗时长，且易出现假阳性。近年来不断推出快速、准确、简易的方法，如改良糖类降解试验;产色底物快速酶试验;丁酸盐油脂水解试验;丁酸酯酶试验。其中：Bacto-TB水解试验具有特异、实用、简单、费用低等优点，可对MC作出快速鉴定。基于LPS的血清学分型、β内酰胺酶蛋白等电聚焦、蛋白外膜电泳谱均已用于MC的表现型鉴定。最近基于核酸多态性的限制酶分析、巨限酶(macrorestriction enzyme)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术也为细菌学检测提供了有力武器。菌株特异性DNA探针也已试用于临床。片段长度多态性分析(FLPA)和自动化核型分析系统用于临床分离菌的鉴定发现，耐药MC为同种间的异质基因，是来自于某一克隆的成功繁殖。此外，利用PCR和16S rRNA基因测序可精确鉴定MC。同时测定三种或更多种常见致病菌的多重(multiplex)PCR技术也已经在临床应用。血常规检查白细胞数和中性粒细胞数显著增高，可有核左移。但免疫低下等机体反应较低者或老人和小儿等白细胞也可不高。影像学检查可用于肺部、鼻窦等感染的辅助诊断。

肺部感染时，X线胸片可见异常病变。