1、心脏：
⑴ 充血性心力衰竭是最常见的并发症;瓣膜穿孔及腱索断裂导致急性心力衰竭;
⑵ 心肌脓肿常见于急性可以引起传导阻滞;
⑶ 急性心肌梗死大多由冠状动脉栓塞所致以主动脉瓣感染者多见;
⑷ 化脓性心包炎;
⑸ 心肌炎。
2、细菌性动脉瘤：多见于亚急性者受累动脉依次为近端主动脉脑内脏和四肢。
3、转移性脓肿：急性IE多见亚急性者少见常发生于肝脾骨骼和神经系统。
4、神经系统：
⑴ 脑栓塞占半数大脑中动脉及其分支最易受累及;
⑵ 脑细菌性动脉瘤除非破裂出血多无症状;
⑶ 脑出血由于脑栓塞或细菌性动脉瘤破裂引起;
⑷ 中毒性脑病可有脑膜刺激征;
⑸ 脑脓肿;
⑹ 化脓性脑膜炎不常见后三者主要见于急性IE特别是金黄色葡萄球菌性心内膜炎。
5、肾脏：多数患者有肾损害包括：
⑴ 肾栓塞和肾梗死;
⑵ 免疫复合物所致局灶性和弥漫性肾小球肾炎后者可致肾功能衰竭常见于亚急性IE;
⑶ 肾脓肿：不多见。