1、柯萨奇病毒感染：一般潜伏期1～3天，上呼吸道感染，起病急，流涕、咳嗽、咽痛、发烧，全身不适。典型症状为疱疹性咽峡炎，即在鼻咽部、会厌、舌和软腭部出现小疱疹，黏膜红肿，淋巴滤泡增生、渗出，扁桃体肿大，伴吞咽困难，食欲下降，一般需要血清学检查即可鉴别。
2、细菌感染：原发炎症的特点是局部的红、肿、热、痛和功能障碍。毒血症症状：起病多急骤。常有寒战、高热、发热多为弛张热及或间歇热，亦可呈稽留热、不规则热及双峰热，后者多系革兰阴性杆菌败血症所致。发热同时伴有不同程度的毒血症症状，如头痛、恶心、呕吐、腹胀、腹痛、周身不适、肌肉及关节痛等。一般需要病原菌检查即可鉴别。