(1)流行性乙型脑炎：流行于夏秋季，重症多起病急剧凶险，早期即有脑炎症状，发热、头痛、嗜睡，3～4天后进入极期，出现高热、抽搐、昏迷及呼吸循环衰竭，此时与结脑鉴别困难不大，而轻型病例易与早期结脑混淆，结脑早期出现脑实质损害症状者又易误诊为脑炎，但乙脑有流行病史，脑脊液中蛋白只轻度增高，糖及氯化物正常或增高都有助于鉴别。

(2)腮腺炎脑膜脑炎：可在冬春季流行，亦可散发，尤其当脑炎发生在腮腺炎之前或根本不出现腮腺炎时易与结脑混淆，可根据有腮腺炎接触史，结核菌素试验阴性，肺部无结核病变及起病较急，脑脊液中糖和氯化物含量不降低及蛋白增高不显著来鉴别。

(3)脊髓灰质炎：在夏秋季流行，起病较急，有典型的双峰热型，多无意识障碍，受累肢体腱反射消失，弛缓性麻痹发生较快，与结脑之肢体瘫痪发生较晚且为强直性麻痹不同。

(4)肠道病毒：如柯萨奇病毒、埃可病毒所致脑炎或脑膜炎多见于夏秋季，起病较急，脑膜刺激征明显，可有皮疹及肌肉痛，病程较短。

(5)淋巴细胞性脉络丛脑膜炎：多在冬春季节发生，常见有感冒症状，在发热及全身症状缓解后出现脑膜炎症状，其特点为起病较急，病程较短，一般在7～10天可恢复，预后良好，脑脊液特点为淋巴细胞占绝大多数，可达95%以上。糖正常，蛋白轻度增高。