临床上将本病分为成人淋球菌性结膜炎和新生儿淋球菌性结膜炎。

成人淋球菌性结膜炎潜伏期短，为数小时至3天。通常从一侧开始，但大多累及双眼，起病急骤，病情呈进行性发展，眼痛、畏光、流泪等症状明显，眼睑高度肿胀、疼痛，伴睑结膜高度充血，伴小出血点及假膜形成，球结膜水肿，重者突出于睑裂外，耳前淋巴结肿痛，重症患者甚至可出现耳前淋巴结的化脓。本病特点是有大量的分泌物，早期分泌物为浆液性或血性，结膜刮片上皮细胞胞质内可见双球菌存在;3～5天后，眼睑肿胀有所减轻，并出现大量脓性分泌物，不断从结膜囊流出，形成典型的脓漏现象，此时分泌物中有大量淋球菌;经过2～3周，脓性分泌物逐渐减少，结膜水肿消退，睑结膜高度肥厚，乳头增生，可持续数月之久，最终炎症消退，睑结膜上可留有较深的瘢痕。

新生儿淋球菌性结膜炎是新生儿眼炎的主要原因，大多经母亲产道感染，发病率约为0.04%，潜伏期2～4天，双眼多同时受累。临床表现与成人相似，为严重的急性化脓性结膜炎，但临床过程较成人稍缓和，角膜并发症较成人少且发生晚而轻，但如果治疗不及时也会发生角膜溃疡和穿孔，且多因发生在角膜中央而严重影响视力。

根据淋病病史、典型的临床表现及结膜囊分泌物涂片或睑结膜刮片的细菌学检查即可确诊。