主要与急性出血性结膜炎、Thygeson氏表层点状角膜炎、急性卡他结膜炎鉴别。
1.急性出血性结膜炎(简称AHC)是新发现的一种眼病，系有肠道病毒70型所引起，现已波及世界各地，成为目前人类最常见的眼病之一。症状包括眼睑肿胀，结膜下出血，多发性角膜上皮剥脱，点状上皮下浸润，结膜充血、浮肿、结膜滤泡及耳前淋巴结肿大等。
2.Thygeson氏表层点状角膜炎又称Thygeson(斯哥森)氏表层点状角膜炎(Thygeson superficial punctate keratitis)、而Fuchs则着重描述了本病与继发于结膜炎的点状角膜炎相鉴别。本病病因不明，怀疑为病毒所致。
3.急性卡他性结膜炎是由细菌感染引起的常见的急性流行性眼病，其主要特征为结膜明显充血，有脓性或黏液脓性分泌物，通常为自限性疾病。