慢甲炎病人常常合并其他自身免疫病，如干燥综合征、类风湿关节炎、糖尿症、恶性贫血、系统性红斑狼疮、肾上腺皮质功能低减、特发性卵巢功能低减和慢性活动性肝炎等。如病程迁延发展，几年后可出现甲减，表现为甲状腺萎缩、黏液性水肿、心率缓慢，全身酸痛、乏力，不爱活动，皮肤粗厚等。
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