有急性或慢性尿道炎症状的男性患者可能提示有前列腺炎。对尿道、膀胱或前列腺分泌物的分段性标本作培养或染色涂片，一般可确定炎症和感染的部位。

膀胱炎有时可与慢性细菌性前列腺炎相混淆。前列腺感染时也易并发膀胱炎。以上提到的分段尿标本和前列腺分泌物标本微生物检查和培养可鉴别感染的部位。若膀胱炎并发细菌性前列腺炎，经适当的抗生素治疗（选用难以弥散于前列腺中的抗生素，如呋喃坦啶、青霉素G）杀灭膀胱中的细菌后重复作细菌培养可确定前列腺感染的存在。

肛门疾病（如肛裂、血栓性痔疮）可引起会阴部疼痛甚至尿频，但体格检查应能将它们区别开来。