免疫缺陷者肺炎的主要并发症是肺部的感染，包括细菌、病毒、衣原体、支原体、真菌感染等。
1.细菌性肺炎：如肺炎链球菌(即肺炎球菌)、金黄色葡萄球菌、甲型溶血性链球菌、肺炎克雷白杆菌、流感嗜血杆菌、铜绿假单胞菌、埃希大肠杆菌、绿脓杆菌等。
2.非典型病原体所致的肺炎：如军团菌、支原体和衣原体等。
3.病毒性肺炎：如冠状病毒、腺病毒、流感病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等。
4.真菌性肺炎：如白念珠菌、曲霉、放射菌等。
5.其它病原体所致的肺炎：如立克次体、弓形虫、原虫、寄生虫如肺包虫、肺吸虫、肺血吸虫)等。机体免疫力低下者(如艾滋病患者)容易伴发肺部卡氏肺包子虫、军团菌、鸟形分支杆菌、结核菌、弓形体等感染。
6.理化因素所致的肺炎：如放射性肺炎、胃酸吸入、药物等引起的化学性肺炎等。
7.支原体肺炎：由肺炎支气体引起。