出现急性症状的病人，要细菌性感染，出血，肺水肿，白细胞凝集素反应或肺栓塞等鉴别。
症状呈亚急性或慢性者，则与真菌或分枝杆菌性感染，机会性病毒感染，卡氏肺孢子虫性肺炎，肿瘤，细胞毒性药物反应或放射损伤的可能性较大等相鉴别。
1.肺水肿(pulmonary edema)：是指由于某种原因引起肺内组织液的生成和回流平衡失调，使大量组织液在很短时间内不能被肺淋巴和肺静脉系统吸收，从肺毛细血管内外渗，积聚在肺泡、肺间质和细小支气管内，从而造成肺通气与换气功能严重障碍，在临床临床表现为极度呼吸困难，端坐呼吸，紫绀，大汗淋漓，阵发性咳嗽伴大量白色或粉红色泡沫痰，双肺布满对称性湿啰音，X线胸片可见两肺蝶形片状模糊阴影，晚期可出现休克甚至死亡，动脉血气分析早期可有低O2、低CO2分压、严重缺O2，CO2潴留及混合性酸中毒,属临床危重症之一。
2.肺栓塞(pulmonaryembolism)是指嵌塞物质进入肺动脉及其分支，阻断组织血液供应所引起的病理和临床状态，常见的栓子是血栓，其余为少见的新生物细胞、脂肪滴，气泡、静脉输入的药物颗粒甚至导管头端引起的肺血管阻断。由于肺组织受支气管动脉和肺动脉双重血供，而且肺组织和肺泡间也可直接进行气体交换，所以大多数肺栓塞不一定引起肺梗塞。
3.卡氏肺孢子虫肺炎，又称卡氏肺囊虫肺炎，是由卡氏肺孢子虫引起的间质性浆细胞性肺炎，是条件性肺部感染性疾病。