少数重症可并发脱水和休克。少数患者可并发肠套叠、直肠出血，溶血尿毒综合征、脑炎及Reye综合征等。腹泻和呕吐所引发的脱水现象是肠胃炎的一种严重并发症，年幼的婴儿非常可能发生脱水现象。其他并发疾病如电解质不平衡、肠穿孔、败血症等。
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