青春期延迟的诊断过程实际上也是一个确定病因的过程，首先应鉴别体质性与病理性青春期延迟。典型者根据其临床特点不难区别，但部分病例须经过严密的随访观察和一系列检查后方能鉴别。女性青春期延迟也常需与原发性闭经进行鉴别.当E2>33.03pmol/L(9pg/ml)，一般认为已有青春期功能活动。但E2常有波动不能仅以此作为诊断依据。正常青春期启动时夜间LH分泌增加，因而测定夜间LH更有诊断价值。GnRH兴奋试验对于鉴别体质性和病理性青春期延迟，鉴别垂体抑或下丘脑病变均有重要价值。正常情况下，静脉注射GnRH后，受试者出现与年龄相适应的血浆LH和FSH反应。在原发性性功能不全和Turner综合征等患者，其反应增强，下丘脑和垂体功能减退反应降低，而在体质性青春期发育延迟者其反应性与其骨龄相适应。